昌吉回族自治州烟草专卖局、新疆维吾尔自治区烟草公司昌吉回族自治州公司成立于2000年6月。2011年，将昌吉市烟草专卖管理办公室变更为昌吉市烟草专卖局。下辖昌吉市、木垒县、奇台县、吉木萨尔县、阜康市、五家渠市、呼图壁县、玛纳斯县等8个县级烟草专卖局。

昌吉回族自治州位于天山北麓、准噶尔盆地东南缘。东临哈密地区，西接石河子市，南与吐鲁番地区、巴音郭楞蒙古自治州毗邻，北与塔城、阿勒泰地区接壤，东北与蒙古国交界。从东、西、北三面环抱乌鲁木齐市。总面积7.39万平方公里，人口160万人（2013）。

昌吉州辖2个县级市、5个县：昌吉市、阜康市，玛纳斯县、呼图壁县、吉木萨尔县、奇台县、木垒哈萨克自治县。