克孜勒苏柯尔克孜自治州位于新疆维吾尔自治区西南部，地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘。北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤，东部与阿克苏地区相连；南部与喀什地区毗邻。面积7.25万平方千米，总人口57.6万人（2013）。

克孜勒苏柯尔克孜自治州辖1个县级市、3个县：阿图什市、阿克陶县、乌恰县、阿合奇县。自治州人民政府驻阿图什市。