合肥卷烟厂前身为皖北军分区后勤卷烟厂，1949年8月随部队由江苏泗洪县青阳镇迁移到合肥，1952年移交给合肥市，取名为“合肥建新烟厂”。1964年，合肥建新烟厂与安庆长江烟厂、六安“裕民烟厂”、寿县“九福烟厂”、肥东县烟厂等4家小烟厂合并，成立合肥卷烟厂，厂址设在合肥市西郊十里村，后迁移到长江西路。

2003年4月，安徽烟草实施工商分设，合肥卷烟厂隶属于安徽中烟工业公司。2005年3月，安徽中烟工业公司首次重组，合肥卷烟厂取消独立法人资格，与蚌埠卷烟厂、滁州卷烟厂并入黄山卷烟总厂。2006年5月，更名为安徽中烟工业公司合肥卷烟厂。2011年6月，更名改制为安徽中烟工业有限责任公司合肥卷烟厂。2012年12月，合肥卷烟厂完成易地技改搬迁工作。

现有职工2376人，厂区占地总面积25.4万平方米，年生产能力为45万箱。