合肥卷烟厂前身为皖北军分区后勤卷烟厂,1949年8月随部队由江苏泗洪县青阳镇迁移到合肥,1952年移交给合肥市,取名为“合肥建新烟厂”。1964年,合肥建新烟厂与安庆长江烟厂、六安“裕民烟厂”、寿县“九福烟厂”、肥东县烟厂等4家小烟厂合并,成立合肥卷烟厂,厂址设在合肥市西郊十里村,后迁移到长江西路。
2003年4月,安徽烟草实施工商分设,合肥卷烟厂隶属于安徽中烟工业公司。2005年3月,安徽中烟工业公司首次重组,合肥卷烟厂取消独立法人资格,与蚌埠卷烟厂、滁州卷烟厂并入黄山卷烟总厂。2006年5月,更名为安徽中烟工业公司合肥卷烟厂。2011年6月,更名改制为安徽中烟工业有限责任公司合肥卷烟厂。2012年12月,合肥卷烟厂完成易地技改搬迁工作。
现有职工2376人,厂区占地总面积25.4万平方米,年生产能力为45万箱。