阜阳卷烟厂始建于1948年，前身是人民烟厂。1949年12月，界首大众烟厂并入阜阳人民烟厂；1956年9月，临泉大众烟厂、涡阳职工烟厂并入阜阳人民烟厂；1963年亳州新华烟厂并入阜阳人民烟厂，同年12月，改称阜阳卷烟厂，隶属中国烟草工业公司上海烟草分公司，1966年，隶属蚌埠烟草分公司。1980年，安徽省烟草工业公司成立，阜阳卷烟厂由地方划归安徽省烟草工业公司。2000年4月，阜阳市烟草专卖局、阜阳烟草分公司与阜阳卷烟厂分离，阜阳卷烟厂成为卷烟工业生产企业，隶属安徽中烟工业公司。

2021年，阜阳卷烟厂新厂投产，项目总投资17亿元，总建筑面积10.2万平米，占地400亩，年产能40万箱。